自2003年3月第一批51个示范区工作正式启动后，各示范区在省、地（市）县各级政府和主管部门的领导下，在中国疾病预防控制中心的指导下，开展了一系列工作，取得了一定的进展。但工作进展很不平衡，一些示范区工作滞后，存在管理机制不健全、工作责任不明确、配套经费不落实、运作程序不通畅，工作措施不到位等问题。为总结经验，促进示范区各项工作的顺利开展，卫生部办公厅于2004年1月19日发出通知，要求各地有关部门加强领导、明确职责、强化落实。卫生部提出以下要求。
　　一、建立健全管理组织，加强示范区工作领导和协调
　　为加强对全国示范区工作的管理，卫生部在中国疾病控制中心成立全国示范区管理办公室（人员组成见附件），承担指导与协调任务。各省（自治区、直辖市）卫生厅（局）要相应成立省级示范区管理办公室；示范区所在地（市）级卫生行政部门要设立示范区工作协调员；各综合防治示范区政府要成立本县（区、旗）示范区工 作办公室，固定专人负责示范区工作，建立健全示范区管理组织，加强对示范区工作的领导与协调。
　　二、明确职责，建立并落实示范区工作责任制
　　卫生部已经与第一批示范区有关省（自治区、直辖市）卫生厅（局）签订了《目标管理责任书》，并将与第二批示范区签订同样的责任书。各省卫生行政部门也与各示范区政府签订了《目标管理责任书》，明确了各级的目标和责任。中国疾病预防控制中心先后下发了《艾滋病综合防治示范区工作实施指南（试行）》、《艾滋病 综合防治示范区工作督导评价方案（试行）》、《艾滋病综合防治示范区工作基线调查方案》、《抗艾滋病病毒药品项目管理执行方案》等指导规范性文件，将各级的目标、职责和任务进一步具体。
　　为充分调动示范区工作积极性，卫生部对示范区实行动态管理，实行监督检查和考核制度，及时总结和推广成功经验，表彰先进；对工作不力的地区、单位或个人，除在全国范围内进行通报批评外，并将取消其示范区资格。2004年，全国示范区办公室将组织对全国示范区进行督导和评估。有关省（自治区、直辖市）各级卫生行政部门及各示范区政府要将本级目标和责任进一步细化，明确各级卫生行政部门、疾病控制机构、医疗机构及其它相关部门和机构的职责和任务，将任务具体分 解到人，定期不定期开展督导检查，对不能按责任落实工作的，要坚决追究其责任。
　　三、加强经费管理，落实配套经费，做好专款专用和提款报账工作
　　经费到位是示范区各项工作的基本保障。卫生部将在目前经费投入的基础上，积极争取、协调统筹国内外资源，增加中央对示范区经费投入的力度。中央对示范区的投入不再严格固定统一数额，可以根据工作开展情况有一定的浮动，对计划合理，工作突出的示范区将适当提高投入经费额度。同时，各级卫生行政部门、各综合防治示范区政府要按照《目标管理责任书》的要求加强协调，确保落实示范区工作配套经费。根据财政部要求，2004年起，卫生部对示范区工作经费实行提款报账制度，具体提款报账及经费使用管理办法正由全国示范区项目办公室组织制订，将于近期下发。为促进经费配套，防止挪用、截留等现象的发生，将于2004年组 织或委托审计机构对各示范区专项经费使用和配套经费落实情况进行检查。
　　四、完善示范区工作机制和工作网络，加强信息沟通与交流
　　各省（自治区、直辖市）卫生厅（局）、示范区所在地（市）卫生行政部门、各综合防治示范区所在县级政府在本地示范区办公室（或协调员）成立（或确定）后，及时将办公室人员组成、联络方式及时报上级卫生行政部门并抄报全国示范区项目办公室备案。卫生部根据各地区示范区办公室的建立情况，集中采购（或批准示范 区自行采购）必需的办公设备，以提高工作效率。
　　为加强示范区工作的信息沟通与交流，决定建立示范区工作情况按季度定期报告制度。各省级示范区管理办公室、各示范区工作办公室要将经费使用情况、开展主要工作、特色工作或典型事例形成材料或信息（可包括照片、影像、实物）直接报至全国示范区项目管理办公室。全国项目办公室每季度编发一期全国示范区工作动态 （简讯），抄送有关省级卫生行政部门、疾病预防控制机构；示范区所在地市人民政府、卫生行政部门及各示范区县级政府、卫生行政部门、疾病控制机构等单位。
　　据悉，示范区管理办公室主任由中国疾病预防控制中心沈洁担任，副主任由孙江平、刘中夫、张国成、王临虹、韩孟杰（常务）组成，办公室成员分别由国内从事艾滋病防治领域的13名专家组成。
　　为做好示范区工作总结和经验交流，卫生部要求第一批有关省（自治区、直辖市）卫生行政部门及各示范区政府或卫生行政部门认真进行年度总结并做2004年示范区工作计划，以确保示范区工作落到实处。