政府在领导中国艾滋病防治工作中的主导作用意味着其对该项目负有主要责任。国务院防治艾滋病工作委员会的主要职责是：研究制定艾滋病防治工作的重大方针、政策和规划；协调解决全国艾滋病防治工作中的重大问题；组织有关部门和单位并动员社会各方面力量积极参与艾滋病防治工作。

　　国务院防治艾滋病工作委员会主任由国务院副总理吴仪担任，副主任由卫生部常务副部长高强和国务院副秘书长徐绍史担任，由中宣部、国家发改委、教育部、公安部、民政部、司法部、财政部、劳动保障部、铁道部、交通部、农业部、商务部、科技部（后增）、卫生部、人口计生委、质检总局、民航总局、广电总局、食品药品监管局、全国总工会、共青团中央、全国妇联、中国红十字会总会、河南省政府、湖北省政府、广东省政府、广西壮族自治区政府、四川省政府、云南省政府、新疆维吾尔自治区政府共30个成员单位组成。

　　工作机构：设立国务院防治艾滋病工作委员会办公室，作为委员会的办事机构。办公室设在卫生部，办公室主任由卫生部副部长王陇德兼任。

　　办公室的主要职责是：研究提出艾滋病防治规划及有关政策、措施；指导有关部门制定艾滋病防治工作年度计划、工作方案并提供技术支持；组织有关部门开展艾滋病防治工作督导检查；协调有关部门研究解决艾滋病防治工作中的具体问题；承担艾滋病防治工作信息沟通和联络工作；承办委员会召开的会议和重要活动；督查落实委员会会议议定事项；承办委员会交办的其他事项。